Le 06 Mai 1942 à 15h00, il se trouve à 250 nautiques de Diégo-Suarez. Il est alors obligé de plonger par un avion provenant de la couverture aérienne de la force britannique. Une demi-heure plus tard, il fait surface, le temps s'est détérioré, ce qui oblige LEMAIRE à naviguer seulement à 12 nœuds.

À 23h15, il navigue à 5 nautiques de l'île, dans l'Est-Nord-Est de la passe d'Alizès.

Le 07 Mai 1942 à 03h10, il longe et contourne la pointe Nord de Madagascar.

À 04h30, il est positionné à l'ouvert de la baie du Courrier. Il doit contourner un champ de mines français. À 05h00, un "Swordfish" du H.M.S. "Illustrious" le survole, plongée rapide... Le massif est toujours visible lorsqu'une violente explosion secoue le bâtiment; panne électrique totale, sifflement d'air comprimé qui s'échappe de conduites crevées, odeur de chlore, voie d'eau dans la batterie avant, avarie de barre de plongée avant, fuites de gasoil.

Le "Héros" est repoussé en surface, les plombs de sécurité ayant été arrachés (ou largués), la coque épaisse endommagée.

Le commandant ordonne l'évacuation. Le "Héros" coule en 15 minutes à 05h08. Il repose à 300 mètres de fond.

Il y a soixante-douze naufragés. Les hommes sans ceinture de sauvetage s'épuisent vite dans une mer démontée et coulent après avoir épuisé leurs dernières forces.

Quelques temps plus tard, certains hommes sont attaqués par des requins. Quatre heures après le naufrage, des bâtiments britanniques arrivent sur zone. Le H.M.S. "Keren"  recueille cinquante-deux survivants.