Le 01 Septembre 1939, le Héros fait partie de la 2ème Escadre de la 1ère Flottille, de la 3ème Escadrille (1ère DSM) à Toulon avec Le "Glorieux", Le "Conquérant" et le "Tonnant". Il est sous les ordres du Capitaine de Corvette COURSON.

En Décembre 1939, il est placé en barrage  pour trouver la position du ravitailleur allemand "Altmark" avec l'Achéron (Capitaine de Corvette ALLIOU, le "Fresnel" (Lieutenant de Vaisseau DAUSSY) et le "Redoutable" (Lieutenant de Vaisseau COSLEOU) ainsi qu'avec  'l "'Agosta" et le "Béveziers" sur la route du retour des Antilles.

Du 08 au 29 Mars 1940, il effectue une croisière sur les côtes du Brésil, sans succès.

- Le 25 Juin 1940, il fait toujours partie de la 1ère Division à Toulon.

Le 01 Juillet 1940, maintenant sous les ordres du Lieutenant de Vaisseau LEMAIRE, il appareille de Toulon en compagnie du "Tonnant" et du "Diamant" en direction de Dakar.

Le 03 Juillet 1940, l'escadre anglaise sous les ordres de l'Amiral SOMERVILLE attaque Mers-el-Kébir.

Le lendemain le Héros appareille avec le "Glorieux" de Dakar à 04h30 pour intercepter le croiseur britannique H.M.S. "Dorsetshire" qui patrouille près de Dakar. Ils sont aidés dans leur recherche par un hydravion E 41 qui le trouve. Les sous-marins ne peuvent jamais l'approcher car il navigue à grande vitesse. À 16h00, ils reçoivent l'ordre de rentrer. Sur la route du retour, ils sont attaqués par l'hydravion du croiseur britannique.

Le 07 Juillet 1940, une force navale britannique, sous les ordres de l'Amiral ONSLOW qui se trouve à bord du porte-avions H.M.S. "Hermes",  se présente devant Dakar et à 18h00 présente un ultimatum identique à celui de Mers-el-Kébir. Le "Héros" et le "Glorieux" reçoivent l'ordre d'appareiller. De nombreux membres d'équipage refusent de se battre contre les anglais. Le Capitaine de Corvette COURSON, commandant du "Héros" réussit quand même à les convaincre. Le "Héros" mouille à 21h30 dans le Sud-Est de l'île de Gorée.

Le lendemain, les deux sous-marins sont bombardés par 'erreur' par un aviso français alors qu'ils se dirigent vers la force anglaise. Ils essaient sans succès de l'attaquer. À 11h20, ils plongent en section. Ils restent toute la journée en surveillance et ensuite dans la nuit font alors route vers Dakar.

L'escadre s'est retirée vers Freetown après avoir torpillé le "Richelieu" à l'aide de six "Swordfish". Le cuirassé est endommagé et est remorqué à l'intérieur du port.

Le 08 Août 1940, le "Héros" est rattaché à la 18ème D.S.M. à Casablanca avec le "Glorieux".

Du 05 au 07 Novembre 1940, il est placé, avec le "Vengeur", au Sud du Cap de Gate (Cabo de Gata - Andalousie-).

Les sous-marins le "Héros" et le "Glorieux" reçoivent l'ordre du gouvernement de Vichy d'attaquer les navires alliés en représailles de la capture d'un convoi français de la marine de Vichy  près des côtes de l'Afrique du Sud, le 03 Novembre 1941.

Le 16 Novembre 1941, le "Héros" attaque en pleine tempête le cargo "Capo Olmo".

Le lendemain à 04h29, le commandant LEMAIRE torpille le cargo norvégien "Thode Fagelund" (5757 tonnes) avec une torpille.

Les deux sous-marins font route vers Diégo-Suarez ( Nord de Madagascar).

La base navale de Diégo-Suarez, sous les ordres du Capitaine de Vaisseau MÆRTEN, constitue le dispositif de l'Amirauté française en Océan Indien. Il est décidé d'y baser le "Héros", le "Vengeur" (DIGARD), le "Béveziers" (RICHARD), l"Espoir" (TÉZENAS du MONTCEL), le "Monge" (DELORT) et le "Glorieux" (BAZOCHE).

Le 08 Février 1942, il escorte le croiseur auxiliaire "Bougainville" parti de Djibouti avec 1200 tonnes de vivres.

Il effectue une patrouille du 27 Février au 02 Mars 1942 à Tadjoura (Djibouti).
Le 17 Mars 1942, il quitte Djibouti pour retourner à Madagascar.
Le 27 Mars 1942, arrivée à Diégo-Suarez.

Le 02 Mai 1942, il appareille pour Djibouti pour ravitailler le port soumis à un blocus britannique.

Le 05 Mai 1942, à l'aube, une escadre britannique sous les ordres du Contre-Amiral SYFRET, comprenant les porte-avions H.M.S. "Illustrious" et "Indomitable", le cuirassé H.M.S. "Ramillies", les deux croiseurs le H.M.S. "Devonshire" et H.M.S. "Hermione,  onze destroyers, six corvettes, six dragueurs de mines et un pétrolier-ravitailleur des transports de troupes et des bâtiments d'assaut, se présentent à la pointe Nord de l'île pour effectuer un débarquement et prendre Diégo-Suarez en tenaille. C'est l'Opération "Ironclad".

Apprenant l'attaque, le "Héros" fait demi-tour. Le cargo qu'il escorte se déroute vers les Comores. LEMAIRE fait route en surface à une vitesse de 17 nœuds pour rejoindre au plus vite Diégo-Suarez.