Le 01 Septembre 1939, l'Amphitrite (détachée au Maroc) fait partie de la 18ème D.S.M. de la  2èmeEscadrille de la 6ème Escadre à Oran. Avec elle dans la 18ème D.S.M., il y a la "Psyché", la "Méduse" et l'Oréade.

Le 15 Juin 1940, elle se trouve à Brest, puis Casablanca.

Le 25 Juin 1940, l'Amphitrite fait toujours partie de la 18ème D.S.M., 18ème D.S.M. qui se trouve toujours basée à Oran.

Le 03 Juillet 1940, après l'attaque de Mers-el-Kébir, elle assure avec la "Méduse" "et l"'Amazone" la surveillance sur un cercle de 20 nautiques autour de Casablanca.

Le 13 Juillet 1940, elle relève avec la "Méduse" et la "Calypso" le "Casabianca", le "Sfax", le "Poncelet" qui maintiennent une permanence aux abords du port à 20 nautiques.

Le 11 et 12 Septembre 1940, elle couvre avec la "Sibylle", l'Amazone et l'Antiope, l'atterrissage et le départ après ravitaillement de la Force 'Y' (trois croiseurs et trois contre-torpilleurs), provenant de Toulon pour l'A.O.F.

Le 24 Septembre 1940, elle est mise en alerte avec la "Sibylle" (Capitaine de Corvette RAYBAUD), l'Amazone (Lieutenant de Vaisseau RICHARD) et l'Antiope (Lieutenant de Vaisseau BALASTRE). Ces quatre sous-marins appareillent pour l'A.O.F. au fur et à mesure de leur disponibilité. L'Amphitrite  quitte Casablanca le 25 Septembre 1940.

L'Amphitrite arrive à Dakar le 02 Octobre 1940. Elle a un silencieux hors d'usage et va rester disponible sur un Diesel seulement pendant un mois et demi...

Le 14 Octobre 1940, le Lieutenant de Vaisseau CHEVALIER prend le commandement de l'Amphitrite.

Le 23 Octobre 1940, elle fait partie de la 13ème D.S.M. avec la "Thétis" et la "Méduse".

Le 02 Janvier 1941, l'Amphitrite appareille de Dakar, fait escale à Casablanca du 15 au 27 Janvier 1941 et fait route ensuite vers la Méditerranée.

Le 06 Février 1941, elle est désarmée à Toulon et ce jusqu'à Janvier 1942.

Le 23 Février 1942, l'Amphitrite (Lieutenant de Vaisseau RITTI), la "Sibylle" (Capitaine de Corvette KRAUT) et l'Amazone (Lieutenant de Vaisseau VERDAVAINE) arrivent à Dakar.

Le 01 Novembre 1942, elle fait partie de la 16ème D.S.M., basée à Dakar, avec la "Sibylle", l'Amazone, l'Antiope et la "Perle".

Lorsque l'Amphitrite arrive à Dakar, elle a toutes ses torpilles, mais n'a plus assez de combustible pour s'échapper.

Le 08 Novembre 1942 c'est l'Opération "Torch".

À 08h00, l'Amphitrite est désemparée (ballasts bâbord crevés)  par l'attaque de  "Curtis Helldiver" provenant du porte-avions U.S.S. "Ranger".

Le commandant est légèrement blessé à la poitrine par un éclat d'obus, le fusilier DEVISE est gravement blessé.

À 08h15, l'ordre d'évacuer le bord est donné.

À 09h30, l'attaque cesse. L'Amphitrite à dix-huit blessés, dont cinq graves et un tué, le Matelot LORET.

LISTE DES DISPARUS

Elle coule dans la nuit du 08 au 09 Novembre 1942.

Renfloué le 12 Mars 1943, elle est mise en réserve spéciale à Casablanca, non réarmée.

Elle est condamnée le 26 Mars 1946.