Le 27 Janvier 1958 à 22h15, le "Marsouin" naviguant dans le Nord de la Corse (Golfe de Girolata) touche la côte par son côté bâbord. Des dégâts sont à déplorer, un ballast crevé et la chaise porte-hélice bâbord est endommagée. Le 29 Janvier à 11h30 il arrive à Toulon. Le 06 Février il est mis à sec au Bassin Vauban. Les réparations durent jusqu'au 27 Février.

Du 10 au 22 Mars, le "Marsouin" appareille de Toulon avec le "Millé", le "Bouan", le "Narval", l'"Astrée", l'"Africaine" et la "Sultane"  pour les exercices, au large des côtes d'Oranie, « Anguill » et « Sans Atout IV », puis retour à Toulon.

Du 19 au 24 Mai le "Marsouin" et l'"Artémis" participent à l'exercice interallié « Medflex Fort ».

Le 17 Mai le "Marsouin" et le "Narval", sous le commandement du Lieutenant de Vaisseau Jacquemin, appareillent de Toulon, étant affectés aux forces maritimes de l'Ouest.

Le 31 Mai, faisant partie de « La croisière de printemps de l'escadre », les deux sous-marins font escale à Casablanca. Le 03 Juin ils en repartent en direction de Brest. Pendant la traversée ils participent à des exercices de lutte anti-sous-marine avec des escorteurs rapides  et des appareils de l'aéronavale basés à Port-Lyautey et à Lann-Bihoué. Après une escale à Brest entre le 10 et le 16 Juin ils appareillent pour Lorient.

Le 16 Juin 1958 le "Marsouin" et le "Narval" sont rattachés à la 2ème E.S.M. à Lorient.

Le 14 Juillet, après la prise d'armes le "Marsouin" reçoit la médaille de la résistance reçue par son prédécesseur, le "Marsouin I", commandé par le Lieutenant de Vaisseau Mine. Il est à noter que cette cérémonie avait été prévue le 15 Février mais à cause de l'incident du 27 Janvier elle a été décalée.

Le Mercredi 20 Août 1958 le Lieutenant de Vaisseau Huan prend le commandement du "Marsouin".

En Décembre le "Marsouin participe à divers exercices au large de la Bretagne et fait escale à Rouen du 04 au 09 puis retour à Lorient.

Le 23 Janvier 1959 il appareille avec le "Narval" pour la « Croisière de l'escadre légère en Afrique Noire ».  Elle va durer une cinquantaine de jours et les deux sous-marins effectueront des exercices avec les escorteurs d'escadre "Guichen", "Casabianca", "Guépratte", "Forbin" et "Du Chayla". Le ravitailleur "La Saône" leur portera assistance. Ils font escale à Casablanca, Dakar, Abidjan, Douala, Cotonou, Lomé, Port de La Luz et Gibraltar.

Le 25 Mars ils sont de retour à Lorient.

Le " Marsouin" entre alors en I.P.E.R. (Indisponibilité Périodique Et Réparations).

Le 07 Mai 1960 le Capitaine de Corvette Sciard prend le commandement du "Marsouin".

En Juin 1960 il fait escale en Hollande avec le "Dauphin".

En Novembre il participe au large des côtes landaises à l'exercice « Écume III » avec le "Requin".

Le 15 Novembre à 08h15 il quitte Lorient pour une sortie en mer. Le lendemain soir il navigue au 'Schnorchel'. À 19h21 'Alerte Schnorchel', il descend rapidement pour rejoindre l'immersion de 30 mètres. À 19h22 il entre en collision avec bâtiment qui le touche sur tribord. Après avoir fait surface il patrouille dans la zone de l'accident puis ensuite fait route vers Kéroman où il arrive le 17. Les dégâts sont importants.