En Mars 2002 l'"Émeraude" participe à l'exercice OTAN « Dogsfish 2002 » avec sept autres sous-marins, six frégates A.S.M., deux pétroliers-ravitailleurs et de nombreux avions de patrouille maritime de huit nationalités différentes. Il y aura par deux fois une escale à Augusta (Sicile) où l'équipage de l'"Émeraude" a pu aller visiter la cité de Syracuse.

En Juillet il participe à un exercice d'accident nucléaire de Type Montségur.

Article Cols Bleus de Mai 2004.

En Septembre il prend part à un exercice franco-russe de lutte A.S.M. avec le "Tourville", le destroyer lance-missiles "Admiral Chabanenko" et le S.N.A. "Vepr". Ils font escale à Brest du 21 au 26.

Début 2005 l'"Émeraude" est déployé dans l'Océan Indien. Il reçoit à Djibouti le soutien du navire-atelier britannique R.F.A. (Royal Fleet Auxiliary) "Diligence".

R.F.A. "Diligence"

Il participe brièvement à l'exercice amphibie « Tadjoura 2005 ».

Il fait escale en suite à Madagascar d'où il appareille d'Antseranana le 25 Mars en direction de la Jordanie où il fera escale à Aqaba.

Le 17 Avril l'"Émeraude" participe à la 17ème session européenne du Sera (Session européenne des responsables d'armement) à Toulon.

En Janvier 2006 il participe avec d'autres bâtiments à la Remise à niveau opérationnel (Rano) du "Charles de Gaulle".

En Juin, il est en patrouille en Méditerranée avant d'entamer son déploiement en Atlantique.

En Mars 2007 l'"Émeraude" est en mission dans l'Océan Atlantique. Il est toujours le 30.

Le 16 Avril il se trouve en Méditerranée et participe à l'exercice « Cadet Training 07 », puis rejoint Toulon.

Le 14 Juillet l'équipage de l'"Émeraude" défile sur les Champs Élysées.

Fin Août il est déployé en Mer Méditerranée.